Natural Bridge Caverns, bien que déjà sur la liste des choses amusantes à faire à San Antonio, a maintenant été répertorié dans le registre national des lieux historiques (NRHP), une désignation donnée par le département américain de l'intérieur pour les sites qui ont un rôle important dans préserver l'histoire culturelle.

En 1963, des fouilles liées au développement ont eu lieu à Natural Bridge Caverns pour agrandir l'entrée, fournir une passerelle et développer un système de sentiers à l'intérieur de la caverne. Lors du creusement initial de l'entrée, plusieurs pointes de projectiles diagnostiques datant d'environ 10 000 ans ont été récupérées. De plus, plusieurs autres outils en pierre ont été récupérés au cours de cette phase de développement, notamment des grattoirs à peau, des gouges, des couteaux et des fragments de forage.

Le personnel du Texas Memorial Museum et du Laboratoire de paléontologie des vertébrés de l'Université du Texas a visité le site et a recueilli en surface un échantillon de restes fauniques découverts par la construction. Certains spécimens appartenaient à des espèces disparues il y a environ 12 000 ans.

En juin 2003, le personnel du Center of Archaeological Research (CAR) de l'Université du Texas à San Antonio a mené une fouille à l'entrée des cavernes. Les artefacts découverts comprennent un foyer de cuisson préhistorique, des outils en pierre, des pointes de projectile et des restes de plantes carbonisés. Les gens d'autrefois utilisaient ces artefacts pour chasser, cuisiner et fabriquer des outils. Ils nous aident à découvrir à quoi ressemblait la vie des premiers habitants du Texas Hill Country.